Комментарии к вопросу решили проблему, с которой вы столкнулись , но есть способ сделать то, что вы на самом деле спросили, поэтому я все равно выкладываю его сюда.
Вопрос, как я понял, таков:о рендеринге чего-либо в буфере глубины (и, возможно, трафарете), но больше нигде.Чтобы добиться этого, вам просто нужно использовать glColorMask , как перед тем, как рисовать прозрачные многоугольники:
glColorMask(GL_FALSE, GL_FALSE, GL_FALSE, GL_FALSE);
и впоследствии восстановить цветовую маску.