Вы должны установить параметр wmode объекта Flash при внедрении с SWFObject.
Здесь - это краткое руководство для этого.
Вот модифицированный коддля вашей проблемы:
<script type="text/javascript">
swfobject.embedSWF("index.swf", "my_flash", "100%", "100%", "8.0.0", null, { wmode: "transparent" });
swffit.fit("my_flash",900,650);
</script>