как выбрать атом с помощью пимола?

Question

Я не уверен, что это правильная веб-страница, чтобы спросить ...

У меня есть файл xyz, который я сгенерировал:

   C   0   0   0
   O   0   0   0.1
   O   0   0   0.2
   C   0   0   0.6
   O   0   0   0.5
   O   0   0   0.4
   .
   .
   .

Как выбрать конкретный атом в командной строке или измерить расстояние между двумя атомами (пимол)?

Answer 1

Команда

pymol select подробно описана здесь: http://www.pymolwiki.org/index.php/Property_Selectors

В вашем случае, чтобы выбрать определенный атом (ы), вы можете использовать:

select C_atoms, name C # select all C atoms and name the selection C_atoms
select atom_4, id 4    # select the 4th atom in the file and name it atom_4
select idx_4, index 4  # 
select rank_4, rank 4  # 

о разнице между rank, ID, index для атомов см.

http://www.mail-archive.com/pymol-users@lists.sourceforge.net/msg08503.html

Answer 2

Я отправил письмо в список рассылки Pymol. Мне нужно найти идентификатор атома / молекулы, которую я хочу (я уверен, что есть лучший способ, но я использовал интерфейс GUI), а затем:

select id <num>

или

distance id<num>, id<num>

для измерения расстояния