Вам необходимо добавить свои пользовательские атрибуты в valid_elements в tinymce init
valid_elements: "@[id|class|title|style|data-initial|...]," + //Your attributes HERE!!!
"a[name|href|target|title]," +
"#p,-ol,-ul,-li,br,img[src],-sub,-sup,-b,-i," +
"-span,hr",
, чтобы сохранить их в редакторе - в противном случае функция очистки tinymce удалит их (потому что они недействительны).