Если вы используете .htaccess, возможно, вы направляетесь к контроллеру CI, а не к файлу, который ищете.
Вот пример правила mod_rewrite, которое может помочь. Часто стоит проверить ваш журнал доступа, чтобы увидеть, какой файл также вызывается.
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|assets|media|favicon\.ico|ipadicon\.jpg|tiny_mce)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1