Вам нужно будет отладить проблему дальше, так как почти невозможно определить, в чем проблема с предоставленной информацией.
Вы говорите: "Это не запускает весь мой сценарий". Значит ли это, что он запускает часть скрипта? В какой момент скрипт перестает выполняться? Какое утверждение должен выполнить скрипт в этот момент?
Без какой-либо другой информации о проблеме я думаю, что это может быть пользовательский контекст или проблема с разрешениями. Службы обычно работают под системной учетной записью, тогда как приложения, которые вы запускаете сами, запускаются в вашем собственном пользовательском контексте.
Если этот сценарий обращается к общему сетевому ресурсу, он может нормально работать в контексте вашего собственного пользователя, если вы уже обращались к этому сетевому общему ресурсу и предоставили учетные данные, но попытка получить доступ к этому сетевому общему ресурсу из службы может быть неудачной, поскольку служба не работает в вашем пользовательском контексте.