Реально это зависит от вашего приложения / SWF-файла.
Если ваше приложение сложное / расширенное и будет использоваться в течение продолжительного времени сеанса, тогда да, вам следует вручную удалить все ссылки, остановить анимацию и обнулить экземпляры.
Помните, что даже если экземпляр не в рабочей области или удален из списка отображения, он все равно использует ресурсы ЦП и памяти.
Это хорошая рабочая практика, но это не обязательно для небольших проектов.