Откройте окно «Органайзер» и выберите вкладку «Хранилища». Нажмите кнопку «плюс» в левом нижнем углу окна. Выберите Добавить рабочую копию ... из меню. Перейдите в папку вашего проекта, выберите ее и нажмите «Открыть».
Предполагая, что с локальной копией все в порядке (или с репозиторием в мире Git), Xcode сделает все правильно при отображении статуса репо членов вашей рабочей копии в затронутом проекте. Если этого не произойдет, попробуйте закрыть и заново открыть проект.