Какую версию Aptana Studio вы используете?
В Studio 2 не установлен плагин PHP по умолчанию, поэтому нет редактора PHP, и пока вы не установите плагин PDT, вы получите описанное выше поведение.
В Studio 3 есть плагин PHP по умолчанию, поэтому двойной щелчок по файлу должен открыть его в редакторе PHP.
Как указано выше, когда вы явно выберете редактор для файла, он продолжит открываться в этом редакторе. Вы можете настроить ассоциации файлов здесь:
http://wiki.appcelerator.org/display/tis/Changing+your+file+association+preferences