Какие другие сайты обновлений вы включили в вашей установке Eclipse?
У меня была похожая проблема при обновлении с более ранней версии Mylyn, и я обнаружил, что это помогает отключить другие сайты обновлений. При установке новых плагинов или даже обновлении старых, Eclipse имеет тенденцию связываться со всеми включенными сайтами обновлений. Я не знаю, что именно он пытается сделать, но это помогло мне отключить все сайты, кроме одного, который я хотел использовать.
Кстати, Eclipse 3.5M6 имеет возможность использовать только выбранный сайт обновлений - это очень помогает при обновлении / установке плагинов. Я не могу дождаться выхода финальной версии Eclipse 3.5, только для этой функции.