Резюме
Я не совсем уверен, как выглядит ваш фрейм данных, учитывая, что я раньше не работал с чипами Affy. Позвольте мне попытаться обобщить то, что я думаю, что вы сказали нам. У вас есть фрейм данных со списком всех микроРНК на чипе Affy вместе с данными об их экспрессии. Вы хотите выбрать подмножество этих микроРНК, уникальных для человека.
Возможное решение 1
Вы не указываете, содержит ли ваш фрейм данных переменную, которая определяет, действительно ли эти микроРНК получены от людей. Если у него есть эта информация, все, что вам нужно будет сделать, это поднастроить ваши данные на основе этого идентификатора. Введите help(subset) или help(Extract) для получения дополнительной информации о том, как это сделать.
Возможное решение 2
Если ваш фрейм данных не содержит такого идентификатора, вам сначала нужно будет составить список всех известных человеческих микроРНК. Вы можете получить их вручную с онлайн-сайта miRBase (а затем импортировать их в R) или загрузить из Ensembl, используя пакет R biomaRt. Для этого, после загрузки biomaRt, вы можете набрать следующую команду:
miRNA <- getBM(c("mirbase_id", "ensembl_gene_id", "start_position", "chromosome_name"), filters = c("with_mirbase"), values = list(TRUE), mart = ensembl)
Приведенный выше код требует, чтобы R загрузил идентификатор mirbase, идентификатор гена, начальную позицию и имя хромосомы для всех микроРНК в каталоге miRBase. (Обратите внимание, что вам нужно было бы указать человеческий ансамбль в более ранней команде, которую я не показывал).
Как только вы загрузите эту информацию, вы можете использовать команду merge или, возможно, команду which, чтобы извлечь соответствующие микроРНК из данных вашего чипа Affy.
Рекомендации
Все это может показаться немного сложным. Если вы еще этого не сделали, я рекомендую вам потратить некоторое время на выполнение упражнений на biomaRt и bioconductor. Информация об этих пакетах и о том, как их установить, доступна по ссылкам ниже:
Bioconductor, http://www.bioconductor.org/install/- Анализ базы данных с
biomaRt, http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine/Teaching/PH292.S10/Durinck.pdf
Возможно, вы захотите перенести этот вопрос на Biostar . Я думаю, что вы получите лучшие ответы там. Также рассмотрите возможность редактирования вашего вопроса, чтобы предоставить больше информации о ваших данных. Удачи.
Изменить на мой оригинальный ответ
В отношении вашего комментария, сделанного в 2012-02-26 22:08:02, попробуйте следующее:
## Load biomaRt package
library(biomaRt)
## Specify which "mart" (i.e., source of genetic data) that you want to use
ensembl <- useMart("ensembl")
ensembl <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", mart = ensembl)
## You can then ask the system what attributes are available for download
listAttributes(ensembl)
name description
58 mirbase_accession miRBase Accession(s)
59 mirbase_id miRBase ID(s)
60 mirbase_gene_name miRBase gene name
61 mirbase_transcript_name miRBase transcript
Выше я вставил part выходных данных из команды listAttributes(), которая показывает соответствующие параметры miRBase. Теперь вы можете попробовать следующий код:
## Download microRNA data
miRNA <- getBM(c("mirbase_id", "ensembl_gene_id", "start_position", "chromosome_name"), filters = c("with_mirbase"), values = list(TRUE), mart = ensembl)
## Check how much we downloaded
> dim(miRNA)
[1] 715 4
## Peak at the head of our data
> head(miRNA)
mirbase_id ensembl_gene_id start_position chromosome_name
1 hsa-mir-320c-1 ENSG00000221493 19263471 18
2 hsa-mir-133a-1 ENSG00000207786 19405659 18
3 hsa-mir-1-2 ENSG00000207694 19408965 18
4 hsa-mir-320c-2 ENSG00000212051 21901650 18
5 hsa-mir-187 ENSG00000207797 33484781 18
6 hsa-mir-1539 ENSG00000222690 47013743 18
## Check which chromosomes are contributing to our data
> table(miRNA$chromosome_name)
1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 2 20 21 22 3 4 5 6 7 8 9 X
50 27 26 25 15 59 26 15 35 7 85 23 32 5 16 31 23 30 17 33 27 28 80
Теперь ваша задача будет использовать эти загруженные данные для анализа вашего исходного фрейма данных Affy. Снова, прочитайте файлы справки для функций merge, Extract и which, чтобы сначала попробовать.