Я слышал, что если вы используете S3FS, вам необходимо выполнить все транзакции файлов, используя этот интерфейс. Помещение файлов в корзину с помощью PHP может добавить их правильно, но поскольку они не были добавлены с помощью S3FS, они могут быть не видны на вашем смонтированном диске.
У меня есть смонтированная система S3FS, которую я использую для резервного копирования в Интернет, и есть все эти избыточные папки и файлы, которые сценарий резервного копирования не создает, но остается от других процессов. Ни один из этих файлов нельзя просмотреть с помощью Transmit или другого инструмента доступа S3, только на консоли Amazon AWS вы можете увидеть истинное содержимое вашего сегмента.
Похоже, что вы затронули еще одну проблему, хотя и с ACL.
Я бы предложил выполнить симиларный процесс, но с использованием S3FS для передачи файла через командную строку или s3Fox, посмотреть, дает ли он такие же результаты.