XML-файлы предназначены именно для того, чтобы: не запускать все тесты из файла класса, содержащего тесты. На мой взгляд, предполагаемый путь состоит в том, чтобы изменить существующий XML-файл или создать новый.
Тем не менее, если ваши тесты включены в разные файлы классов (я не вижу этого в коде вашего примера), вы можете указать набор классов вместо xmlfileset, например ::
<testng workingDir="../../" outputdir="${output_dir}"
verbose="2" listeners="org.uncommons.reportng.HTMLReporter,org.uncommons.reportng.JUnitXMLReporter"
classpathref="testsClasspath">
<classfileset dir="./${test_classes}/com/my/organization" includes="MyTest.class" />
</testng>