Я не хочу начинать войну с пламенем, но я бы вообще избегал Prototype и MooTools, несмотря на то, что в любом из них было бы хорошо. (Раскрытие: первой библиотекой Ajax, которую я использовал, был Prototype.) Некоторые очень умные и вдумчивые программисты столкнулись с большими проблемами, используя библиотеки, которые делают небезопасные предположения. Очевидное небезопасное предположение состоит в том, что некоторые переменные не будут определены другими сценариями. (Примером, о котором я думаю, является мультимедийный веб-сайт, на котором интегрировано множество различных сторонних сценариев.) Большое преступление многих библиотек, особенно Prototype, заключается в предположении, что безопасно изменять нативные объекты, такие как Array (или Object!). ). Когда я добавил Prototype в свой проект, poof обошел все циклы for-each над массивами, потому что внезапно у них всех появилось дюжина дополнительных функций, каждая из которых считается членом (объекты - просто хэши).
Я люблю объектно-ориентированный синтаксис так же, как и все остальные, но изменение основных объектов просто небезопасно. $ это зло. : -)
Так что за мои деньги YUI - единственная действительно безопасная библиотека. JQuery будет моим вторым выбором.