Вы правы, что у вас может быть несколько проектов на разных языках в одном решении MonoDevelop.
Однако вам все равно придется создавать привязки для доступа к не .NETкод (например, C / C ++) и данные из основного (C #) проекта решения.
Таким образом, наличие одного решения во многих случаях может быть бит проще, но не будет намного проще - если вы не используете .NET для каждого проекта.
Примечание: теперь в MonoDevelop есть решения для связывания шаблоны, которые могут упростить привязку не-.NET-кода.Скорее всего, вы поможете вам.