Как вы сказали, в GIMP есть инструмент волшебной палочки, который можно использовать для выбора непрерывных областей одного цвета, что позволяет избежать «синдрома зеленой связи». Проблема в том, что это может создать проблему, если что-то вроде человеческого волоса пересекает изображение (которое отделит некоторые белые области). Другая распространенная проблема, особенно с изображениями людей, - это когда они кладут руку рядом с телом, а между рукой и телом появляется небольшое отверстие.
В принципе, не так уж сложно создать сценарий GIMP, который открывает в пакете много изображений, использует волшебную палочку для выбора пикселя в некотором углу (или, если необходимо, в нескольких известных фиксированных местах, а не только в одном), а затем снимает выделение.
Если трудно найти белую область в фиксированном месте, можно выполнить поиск внутри - это означает, что скрипт ищет белый пиксель на границах, и он постепенно входит внутрь по спирали, пока не найдет некоторую белый пиксель. Но это очень и очень неэффективно в базовом скриптовом движке, поэтому я надеюсь, что вам это не нужно.
Если какой-либо из предложенных выше вариантов в порядке, скажите мне, и я создам для него скрипт gimp. Будет еще лучше, если вы сможете опубликовать несколько образцов изображений, но я постараюсь помочь даже без них.