Я предполагаю, что поскольку вы добавляете UIButton в сцену cocos2d, вы используете openGLView
что-то вроде:
[[[CCDirector sharedDirector] openGLView] addSubView: кнопка];
Если это так, то перед тем, как заменить HelloWorldScene, вам нужно вызвать что-то похожее на
[кнопка удаления из окна просмотра]
Где кнопка - это название вашей кнопки UIB (в обоих случаях).
Однако было бы предложено использовать CCMenu с CCMenuItem на вашем HelloWorldScene, поскольку объекты UIKit не очень хорошо сочетаются с Cocos2d.