Это во многом зависит от того, что вы считаете «первым пикселем».Предполагая, что вы можете жить с порядком пикселей, который присваивает MATLAB, вы можете использовать
idx = find(y == 0, 1, 'first')
[row_idx, col_idx] = ind2sub(size(y), idx)
Для других мер "первичности" вам придется либо транспонировать входную матрицу (изображение), либо прибегнуть к некоторым другимусовершенствованный способ расчета.
И да, break
только разорвет внутренний цикл, как уже указывал Даве.