Мне удалось решить эту проблему.В SCons среда, которую он видит, взята из экземпляра:
env = Environment(..., ENV = os.environ)
Я добавил в os.environ путь к matlab mex, выполнив:
os.environ['PATH'] = matlabPath + '/bin:' + os.environ['PATH'];
Где matlabPath - это путь Matlab, например:
/Applications/MATLAB_R2009b.app
Вот и все!