Из вашего вопроса не совсем понятно, как работает ваша схема. У каждого экземпляра клиентского программного обеспечения свой ключ? Как долго длится лицензия? У вас есть другой ключ для каждого клиента? Как оплачивается лицензия? Как продлевается лицензия?
Если вы пытаетесь контролировать количество использований клиентского кода, то только первый из них сделает это.
В конце концов, в мире, в котором вы, кажется, обитаете, я подозреваю, что вам придется жить в доверии, что в вашей лицензии нет явных нарушений. Большинство организаций приличного размера (которые, как кажется, будут ваши клиенты) несут ответственность за нарушение, что может привести к серьезным последствиям в случае нарушения лицензионных соглашений. Они также будут периодически проверяться, и у вас, вероятно, есть некоторые законные права проверять их использование (в противном случае вы должны вписать это в свое лицензионное соглашение).
Где для вас становится очень опасно, если содержимое USB-ключей попадает в Интернет. В связи с этим любая схема, в которой используется опубликованный ключ, уязвима для преднамеренного раскрытия секретов.
Я уверен, что по этому предмету имеется много литературы, поэтому, вероятно, вам стоит продолжить исследования.
Кстати, я не уверен относительно вашей ссылки на SLA в средней части о вашем лицензировании сервера. Лицензирование и SLA очень разные. Лицензия - это обязательство клиента, а SLA - ваше.