Существует серьезная нехватка документации по проектам Matrix, и после всех попыток я отказался от этого и нашел гораздо более простое решение для того, чего я пытался достичь.
Для создания сборки каждогоconfig Я только что добавил дополнительные этапы сборки с различными параметрами командной строки, как этот.
Нажмите кнопку добавить этап сборки -> Создать проект или решение VS с помощью MSBUILD
В поле аргументов командной строки добавьтеследующее: / property: Configuration = Debug
Затем я просто добавил еще один шаг сборки, который выполняет другую сборку, за исключением: / property: Configuration = Release
И еще один с / property: Configuration = Beta
Это выполняется через каждую сборку последовательно с использованием различных конфигов в каждой сборке.