Microsoft.WindowsAPICodePack.DirectX.WindowsImagingComponent находится в пакете кода Windows API, который представляет собой библиотеку исходного кода, которую необходимо встроить в приложение. С другой стороны, System.Windows.Media.Imaging включен в .NET Framework.
Если у вас нет другого использования для Windows API Code Pack, я бы порекомендовал использовать System.Windows.Media.Imaging. Я полагаю, что включение WIC API в Windows Code Pack, в первую очередь, связано с возможностью взаимодействия с DirectX API в Code Pack, которые не имеют аналогов в .NET Framework.