Базы данных биоинформатики с отрицательными результатами?

Question

Базы данных по биоинформатике, такие как BioGRID, собирают множество результатов взаимодействия для белков и генов разных видов из всевозможных публикаций и экспериментов, но такие сопоставления нуждаются в проверке ошибок, поскольку проверяются не все комбинации, а некоторые проверяются более одного раза. , Не должны ли они также собрать все отрицательные результаты? Существует ли такой ресурс, который систематически собирает как положительные, так и отрицательные взаимодействия из экспериментов с высокой пропускной способностью и низкой пропускной способностью?

Answer 1

Вы должны искать ' Negatome ', базу данных невзаимодействующих пар белков.

Смиаловски П, Пейджел П, Вонг П, Браунер Б, Дункер I, Фобо Г, Фришман Г, Montrone C, Rattei T, Frishman D, Ruepp A. База данных Negatome: набор ссылок не взаимодействующих белковых пар. Nucleic Acids Res. 2010 янв; 38 (База данных выпуск): D540-4. Epub 2009 17 ноября. PubMed PMID: 19920129; PubMed Central PMCID: PMC2808923. Доступно с: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19920129

Answer 2

Это может помочь:

http://www.jnrbm.com/info/about/

http://www.jnr -eeb.org / index.php / jnr

и так далееЯ знаю, что существуют базы данных не-нападающих или не связывающих наркотикоподобных соединений

Answer 3

Мы работаем над мета-базой данных и сервером прогнозирования взаимодействий белков с открытым исходным кодом (который включает в себя данные из BioGRID и других источников), который обрабатывает как отрицательные, так и положительные данные, как вы просили ...

MAYETdb выполняет следующие действия:

1. Классифицирует белковые взаимодействия как «взаимодействующие» или «не взаимодействующие»
2. Включает данные изразнообразные экспериментальные установки (Y2H, TAP-MS, другие) и виды (дрожжи, человек, c.elegans) (включая данные, полученные как из литературы, так и из данных, например, BioGRID).
3. Это также дает ложное-положительные и ложноотрицательные ошибки этих классификаций.
4. Система машинного обучения случайным лесам делает прогнозы для ранее не проверенных взаимодействий, обучаясь формированию широкого спектра белковых особенностей и работает с довольно высокой точностью (~ 92% AUG).

Он еще не запущен на сервере, но исходный код доступен и тщательно прокомментирован, если вам интересноmpatient: https://bitbucket.org/dknightg/ppidb/src

Пожалуйста, спросите, если у вас есть какие-либо вопросы:)

Answer 4

1) Такие данные часто отображаются на экранах с высокой пропускной способностью, которые публикуются в рецензируемых журналах Cessarini опубликовал отрицательные результаты, касающиеся взаимодействия домен / пептид. 2) Вы можете связаться с базами данных, такими как mint / reactome / etc ... и упомянуть, что вы хотите получить отрицательные результаты там, где они доступны. Многие такие организации обязаны предоставлять такие данные вам, даже если их нет на их сайте. 3) Хороший ресурс на эту тему здесь http://www.nature.com/nmeth/journal/v4/n5/full/nmeth0507-377.html