Скорее всего, вам нужно зайти в настройки интерпретатора и обновить пути включения. Выберите «Окно»> «Настройки». Разверните PyDev, нажмите «Интерпретатор - Python». Выберите переводчика, затем нажмите кнопку «Применить». Если вы не внесли никаких других изменений, он будет повторно сканировать каталог site-packages в поисках новых модулей. Если он не находит эти два автоматически, добавьте их самостоятельно:
c:\Python26\lib\site-packages\win32
c:\Python26\lib\site-packages\win32\lib
С этими двумя каталогами на своем пути он должен правильно видеть модуль win32api.