Да, есть выход. Не ссылаться на библиотеки из папок на диске или в сетевых местах.
Правильный подход - создать папку «Зависимости» (называйте ее как хотите) в том же месте, где находится файл решения. Скопируйте в эту папку все внешние ресурсы и сослаться на них оттуда.
Затем не забудьте добавить эту новую папку и все, что вы поместите туда, в свои версии (SVN, HG и т. Д.), Чтобы при извлечении исходных кодов на другую машину все необходимые зависимости были там.
РЕДАКТИРОВАТЬ: просто чтобы быть ясно, это относится к библиотекам, которые не являются частью сетевой структуры, то есть они не в GAC. Вы всегда должны ссылаться на библиотеки CLR из GAC.