Я не уверен, что понимаю, как вы хотите, чтобы ваше приложение выглядело. Если вы хотите, чтобы ваше приложение было диалоговым, то сделайте его диалоговым приложением.
Просто создайте новое приложение MFC и установите для него значение «На основе диалога». Теперь ваше приложение запустится в этом диалоговом окне.
Если вы хотите использовать собственное приложение win32, просто создайте диалог в своем InitInstance, используя CreateDialog (вместо CreateWindow).
В обоих случаях вы используете редактор ресурсов для создания диалога.