В Linux это было довольно легко. Я только что сделал
Runtime rt = Runtime.getRuntime();
Process p = rt.exec(shell location);
p.destroy();
Но как мне это сделать в Windows, которая не поддерживает скрипты .sh? Я могу заставить скрипт работать с использованием Cygwin. Можно ли как-нибудь использовать Cygwin в Eclipse для запуска скрипта?