Масштабирование перед ановой?

Question

Я хочу выполнить анова-анализ для выявления дифференциально экспрессируемых генов. Должен ли я масштабировать данные, используя квантильную нормализацию или срединное абсолютное отклонение, прежде чем искать дифференциально экспрессируемые гены, или мне следует применять anova непосредственно к данным, полученным с помощью RMA?

Большое спасибо заранее

Answer 1

Вы можете применить ANOVA после RMA, поскольку он включает в себя этапы настройки фона, суммирования и нормировки квантилей ( см. Здесь ).Для данных, не принадлежащих Affy, до ANOVA можно было бы использовать что-то вроде логарифмического преобразования / нормализации квантилей или VST (преобразование, стабилизирующее дисперсию) / RSN (надежная нормализация сплайнов) для данных Illumina.Вопрос, как уже указывалось: BioStar .

Кстати, вы также захотите выполнить некоторую фильтрацию данных после RMA и до ANOVA для удаления наборов проб с низкой дисперсией.Если вы работаете в R, вам захочется взглянуть на genefilter .

Answer 2

Всегда, всегда нормализуйте, иначе ваши результаты просто несопоставимы.Используемая методика нормирования во многом зависит от используемой вами технологии микрочипов.

Для более подробного ответа вам следует попробовать сайт Biostar Stack Exchange .