Когда вы удаляете файл из xcode4, он должен попросить «удалить ссылку» или «удалить файл (физически)», но любой из них, попробуйте найти файл в корзине. Если вам повезет, верните файл обратно и снова добавьте его в свой проект.
Последний шаг, начните использовать систему контроля версий. XCode4 имеет встроенную систему контроля версий, вы можете попробовать (хотя мне не понравилась версия XCode4, я использую «synx», которая бесплатна).
Подождите, подождите ... резервное копирование очень важно, поэтому, если вам не нравится контроль версий, вы можете выполнить более простую задачу, например, сжать папку проекта и поместить ее в резервную папку, прежде чем начинать добавлять что-либо новое или обновлять что-нибудь.