Это действительно проблема PyDev с Django 1.4. Новая версия (2.5.0) будет выпущена позже на этой неделе, должным образом поддерживая изменения макета в Django 1.4.
Вы все еще можете использовать проект, созданный таким образом, но вы должны сделать некоторые ручные вещи:
Переместить содержимое внутри папки, которая была создана, в ваш модуль (это было структурное изменение, сделанное в django 1.4)
В файле settings.py не будет данных, введенных вами в мастере (т.е. вручную отредактируйте файл settings.py)
В свойствах проекта django (щелкните правой кнопкой мыши проект> свойства и откройте страницу свойств django), вы должны установить правильные настройки в модуле настроек и manage.py.