Вы разрешаете чистое отключение сервера? То есть как вы управляете своей средой разработки? Как ты его выключаешь?
Если вы работаете с Eclipse, вам может быть предоставлена возможность нажать «enter» на консоли, что приведет к чистому завершению работы вашей системы и к тому, что db снимет блокировку файла. Однако, если вы «убиваете» свою среду (нажимая красную кнопку остановки в Eclipse или, возможно, ctrl-c в консоли), HSQLDB может не иметь изменений для снятия блокировки на основе файлов.
Если вы делаете все это для разработки - задумывались ли вы о запуске базы данных в памяти? Это делает разработку и автоматизированное модульное тестирование намного быстрее!