На самом деле IDEA должна автоматически обнаруживать внешние изменения через fsnotifier и выполнять индексацию измененных файлов.Если этого не произойдет, вы можете использовать File |Синхронизировать.Также есть Настройки |Генерал |Синхронизация файлов при активации фрейма, сворачивание и восстановление окна IDEA должны принудительно синхронизировать файлы, когда эта опция включена.
Внешний инструмент, который найдет окно IDEA, свернет его и восстановит, приведет к принудительной синхронизации, запустите его как последнюю сборкуstep.
Вы также можете написать простой плагин IDEA, который будет прослушивать некоторый порт TCP и вызывать действие Synchronize.Затем создайте инструмент, который подключается к этому порту и отправляет некоторую команду для принудительной синхронизации за пределами IDEA.Запустите этот инструмент в качестве последнего шага сборки.
С помощью такого плагина вы получите больший контроль над IDEA и сможете при необходимости вызывать другие действия, такие как перезапуск IDEA, открытие проекта и т. Д.