Вы можете следовать рекомендациям для ручного развертывания приложения ClickOnce на MSDN .
В этом случае для развертывания используются Windows Software Development Kit и инструменты командной строки вместо Visual Studio.
Еще одно замечание: если вы можете, я бы порекомендовал попытаться перейти на / clr: pure , если это возможно. Если вы работаете с собственным кодом, это не сработает, но если это приложение для форм Windows, оно упростит сценарий развертывания, поскольку у вас будет меньше проблем в ClickOnce с требованиями CAS.