Когда вы нажимаете автоконфигурацию или добавляете новый интерпретатор, он отображает диалоговое окно со всеми путями, которые были найдены в PYTHONPATH, но некоторые не проверяются по умолчанию (он оставляет проверенным только то, что считаетбыть общим для всех проектов (то есть: под установкой Python), поэтому попробуйте проверить, появляются ли пакеты site в этом диалоговом окне, и проверьте его, если он есть ...
Кроме того, я помню, что MacOS имеетпроблема, из-за которой он не доставляет исходные файлы для библиотек, поэтому это тоже может быть проблемой (в этом случае я бы рекомендовал установить версию Python из python.org вместо использования той, которая поставляется предварительно установленной вMacOS).