Включено ли у вас "Включить root в пакет" для содержимого пакета?См. этот ответ для объяснения того, что он делает и почему он вам, вероятно, нужен.
Другая возможность состоит в том, что у вас включена функция "Разрешить перемещение" для соответствующих компонентов, поэтому, если ониуже установлен где-то еще, он обновляет их на месте, а не устанавливает их в ожидаемом месте.Обычно это (ну, в любом случае, часто) хорошо, но это может сбить с толку тестирование установщика.