Я предполагаю, что вы сохраняете как файл Windows Bitmap (BMP).
Первое, что нужно проверить, как предлагает Дюрандаль, это то, что вы выбираете формат BMP, который поддерживает альфа.В разделе «Дополнительные параметры» диалогового окна «Сохранить как BMP» убедитесь, что выбран формат A8 R8 G8 B8.
Если это не помогает, попробуйте сохранить как PNG вместо BMP.BMP-файлы имеют много подформатов, и API Java Imaging может не поддерживать их все.