Вы можете использовать IFRAME с чем-то вроде модального диалога jquery. Я обычно нахожу модальные всплывающие окна JavaScript не полностью модальными. Например. они полагаются на CSS, чтобы расположить контейнер поверх экрана для захвата всех не диалоговых событий, но доступ с клавиатуры обычно все еще возможен. Этот довольно надежный, хотя: http://www.ericmmartin.com/projects/simplemodal/
Использование IFRAME было бы самым простым переходом от реальных всплывающих окон к псевдо-JS-всплывающим окнам, поскольку документы, обслуживаемые во всплывающем окне, потребовали бы небольшой модификации, если таковые имеются.