сравнение филогенетического дерева - PullRequest
4 голосов
/ 23 января 2012

Я разработал новый алгоритм для сравнения филогенетического дерева (филогенетическое дерево - это просто корневое бинарное дерево). В качестве входных данных у нас есть два дерева, мы хотим вычислить процент их сходства. один пример алгоритмов такого типа здесь .

Но большинство этих алгоритмов (как я их знаю) не предлагали хороший способ проверить точность своих алгоритмов. Например, если вы посмотрите на следующий рисунок, вы увидите, что между T1 и T3 больше сходства, чем с T1 и T2.

examples of three phylogenetic trees

Мне нужен метод проверки точности измерения сходства, чтобы быть уверенным, что мой алгоритм лучше предыдущих алгоритмов !!! (в большинстве случаев это не сложно для человеческого глаза, но я не знаю, как распространить его на мое приложение)

Ваша мера достоверности должна быть независимой от алгоритма.

1 Ответ

1 голос
/ 24 января 2012

Взгляните на « Оценка сходства графиков и сопоставление » и « Метод сравнения двух иерархических кластеров ».Может быть, они (или связанные ссылки) будут полезны.

...