Нет соглашений об именах, и вы просто используете путь. window.url = windows/window1.js
Также код запускается, когда окно открыто, как вы правильно догадались: -)
var window = Ti.UI.createWindow({
url: 'windows/window1.js'
});
From docs : "URL-адрес файла JavaScript с инструкциями Windows. Это окно создаст новый субконтекст JavaScript, который будет выполняться в своем собственном потоке и пространстве глобальных переменных."
Я думаю, что суб-контексты информация помогут вам понять их наиболее.