возникли проблемы при установке пакета biopython - PullRequest
Новая
       7

возникли проблемы при установке пакета biopython

2 голосов
/ 07 июня 2011

я использую mac 10.6.7 и xcode 4 с установленным gcc 4.2. но когда я устанавливал biopython с: Python setup.py установить по команде выдает ошибку на gcc: 

10-54-41-155-wireless1x:biopython-1.57 xueran2010$ python setup.py install
running install
running build
running build_py
running build_ext
building 'Bio.cpairwise2' extension
gcc-4.2 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch i386 -arch ppc -arch x86_64 -pipe -IBio -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/include/python2.6 -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-universal-2.6/Bio/cpairwise2module.o
/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler         (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed
Installed assemblers are:
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/x86_64/as for architecture x86_64
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/i386/as for architecture i386
Bio/cpairwise2module.c:639: fatal error: error writing to -: Broken pipe
compilation terminated.
lipo: can't open input file: /var/folders/ir/ir6RCJTKGB4QU5sVdTXwt++++TI/-Tmp-//cccUvTiF.out (No such file or directory)
error: command 'gcc-4.2' failed with exit status 1

Ответы [ 3 ]

4 голосов
/ 08 июня 2011

Я хотел бы предложить корень вашей проблемы в следующей строке: 

/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed

XCode 4 не любит пытаться компилировать вещи с архитектурой PPC, поэтому вам нужно прекратить попытки: 

env ARCHFLAGS="-arch i386 -arch x86_64" python setup.py install

(ОТКАЗ ОТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ: я не могу это проверить, поскольку BioPython прекрасно работает на моей машине 10.6.7 ...)

Вы можете получить больше радости от любых будущих вопросов по BioPython от http://biostar.stackexchange.com.

1 голос
/ 26 апреля 2015

Самый простой способ установки биопиона - это использование Anaconda.Загрузите самую последнюю версию с веб-сайта Continuum (http://continuum.io/downloads), установите пакет, затем перейдите в терминал и обновите conda и anaconda (просто чтобы быть уверенным, что у вас есть все новые пакеты). Итак, сделайте это:

conda update conda
conda update anaconda

После этого вы готовы установить биопион с: 

conda install biopython

Вот и все. Откройте Anaconda и запустите записную книжку IPython.Чтобы увидеть, работает ли биопайтон, выполните следующие действия: 

from Bio.Seq import Seq
my_seq = Seq("AGTACACTGGT")
my_seq

Если вы вернули свою последовательность, она работает.

0 голосов
/ 16 июня 2011

Кажется, что это проблема новой версии X Code от Apple, затрагивающая и другие библиотеки Python, такие как NumPy.

См. Эту ветку, где предлагается простое решение - удалить X Code 4, установить Xcode 3,а затем при необходимости переустановите XCode 4.

http://lists.open -bio.org / pipermail / biopython / 2011-June / 007320.html

...