Похоже, что имена, отображаемые в PyDev, назначены по умолчанию.
Чтобы исправить это, вы можете дать имя потоку при его создании:
threading.Thread(name=<name>, target=...)
или позже, просто установив атрибут имени:
thread = threading.Thread(*args, **kwargs)
thread.name = <name>