Скомпилируйте библиотеку, которая использует mpi (AGMG) - PullRequest
Новая
       36

Скомпилируйте библиотеку, которая использует mpi (AGMG)

0 голосов
/ 06 марта 2012

Я пытаюсь скомпилировать библиотеку AGMG .

Файл make для параллельного примера выглядит следующим образом: 

# MPIopt    = -I/... (where to find mpif.h)
# MUMPSPopt = -I/... (where to find files to be included by 
#                     applications using MUMPS)
# MUMPSlib  = -l...  (link reference for MUMPS)
# SCALAP    = -l...  (link reference for SCALAPACK, needed by MUMPS)
# BLASLAPACK= -l...  (link reference for LAPACK & BLAS)
# MPIlib    = -l...  (link reference for MPI)

На моем Debian найден mpif.h: 

$ ls /usr/lib/openmpi/include/mpi.h 
/usr/lib/openmpi/include/mpi.h

Итак, я написал в Makefile: 

MPIopt  =   -I/usr/lib/openmpi/include/
MPIlib    = -lmpi

Но тем не менее, когда я пытаюсь скомпилировать, я получаю следующие ошибки: 

:~/AGMG_3.0/Example_par$ make
cd ../SRC;make dpar
make[1]: Entering directory `AGMG_3.0/SRC'
make[1]: Nothing to be done for `dpar'.
make[1]: Leaving directory `AGMG_3.0/SRC'
gfortran-4.4 -O4 -o Example_par Example_par.o ../SRC/dagmg_par.o   -lmpi 
Example_par.o: In function `MAIN__':
Example_par.f90:(.text+0x77): undefined reference to `mpi_init_'
....
....
....
dagmg_par.f90:(.text+0x19fc9): undefined reference to `mpi_comm_rank_'
dagmg_par.f90:(.text+0x19fdd): undefined reference to `mpi_comm_size_'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [Example_par] Error 1

Я сейчас совершенно сбит с толку, у меня были попытки, которые были удачными, но у меня были проблемы с scaplap и другие требования. найден скальп: 

$ dpkg -L libscalapack-mpi-dev 
/.
/usr
/usr/lib
/usr/lib/libscalapack-openmpi.a

Свинка находится в /usr/lib/libsmumps.a, а файлы заголовков находятся в /usr/include/smumps_c.h

.

Так как мне все это собрать?

Я знаю, что для более опытного разработчика на Fortran или C это было бы тривиально ...

Заранее спасибо за помощь.

EDIT: Я помещаю здесь полные определения Makefile, в надежде, что это поможет другим: 

MPIopt = -I/usr/lib/openmpi/include -I/usr/lib/openmpi/lib -L/usr/lib/openmpi/lib -pthread 
MPIlib = -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi 
MUMPSPopt = -I/usr/lib/libsmumps.a -I/usr/lib/libdmumps.a
MUMPSlib = -lsmumps  -ldmumps
BLASLAPACK=-L/usr/lib -llapack -lblas 
BLASLAPACK=-L/usr/lib -llapack -lblas 
SCALAP = -L/usr/lib/libscalapack-openmpi.a -lscalapack-openmpi

F90=gfortran-4.6

Это строит это. Спасибо за ответы!

Ответы [ 2 ]

4 голосов
/ 06 марта 2012

Я думаю, что вам не хватает материала библиотеки Fortran MPI. Вы должны использовать оболочку компилятора mpi вашей установки, обычно она называется mpif90 . Если вы хотите указать все библиотеки вручную, вы можете взглянуть на параметры, установленные оболочкой с 

mpif90 --showme

(для openmpi) или другой подобный флаг, в зависимости от вашей библиотеки MPI.

3 голосов
/ 06 марта 2012

Это ошибки компоновщика.Похоже, ваши включаемые файлы были успешно подобраны, но компоновщик не видит библиотеку MPI.Попробуйте изменить MPIlib = -lmpi на что-то, включающее путь к libmpi.a, например MPIlib = -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi

В качестве альтернативы, попробуйте использовать оболочки компилятора MPI, как предложено @haraldkl.Это должно обеспечить автоматическую связь с MPI.

...