Вы, вероятно, можете, используя exec (), passthru () и т. Д. Это хорошая идея, я не уверен: вам придется дать права на перезагрузку (я не знаю точно, но это почти root ...) вашему пользователю php.
Просто чтобы быть уверенным, что вы хотите сделать, это вызвать веб-страницу, которая перезагрузит ваш сервер, или это сложнее?