Существует нефиксированная ошибка , которая, похоже, является вашей проблемой. Из описания ошибки известные обходные пути: удалить опцию -use или использовать JDK 1.4.2. Вы используете Java 6, так что это может иметь место.
Строка, в которой возникает исключение NullPointerException:
printHyperLink("", pkg.name(), Util.getPackageName(pkg), true);
Так, возможно, проблема возникает из-за опечатки в вашем файле package.html?