Оказывается, все довольно просто.Я нашел два способа указать, какие наборы правил нужно запускать в Visual Studio.Изучите аргументы FxCop в диалоговом окне «Внешние инструменты».
Измените аргумент / rule: для указания на конкретную dll в каталоге правил
Или
Создайте проект FxCopс соответствующими правилами, выбранными, как предложил Педро, и укажите на это с помощью параметра / project: аргумент