Нет, в Eclipse такой функции нет. Мне всегда приходится останавливать текущий запущенный экземпляр, прежде чем начинать новый. В зависимости от условий среды, иногда сохраняя файлы кода и обновляя работающий экземпляр, можно добиться цели (как, например, при запуске приложения GAE), но всегда лучше начинать с полного нового выполнения, чтобы избежать несоответствий.