Установка ggbiplot из github

Question

Я пытаюсь установить разрабатываемую версию ggbiplot из Github.Во время установки я получаю следующее сообщение об ошибке:

library(devtools)
install_github("ggbiplot", "vqv")


Installing github repo(s) ggbiplot/master from vqv
Installing ggbiplot.zip from https://github.com/vqv/ggbiplot/zipball
Installing ggbiplot
* checking for file 'C:\Users\Muhammad Yaseen\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u\vqv-ggbiplot-2623d7c/DESCRIPTION' ... OK
* preparing 'ggbiplot':
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking for LF line-endings in source and make files
* checking for empty or unneeded directories
* looking to see if a 'data/datalist' file should be added
* building 'ggbiplot_0.5.tar.gz'
cygwin warning:
  MS-DOS style path detected: C:/Users/MUHAMM~1/AppData/Local/Temp/Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz
  Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/Users/MUHAMM~1/AppData/Local/Temp/Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz
  CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
  Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames

Warning: invalid package 'Yaseen/R/win-library/2.14'
Error: ERROR: cannot cd to directory 'C:/Users/Muhammad'
Error: Command failed (1)
In addition: Warning message:
running command '"C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R" CMD INSTALL C:\Users\MUHAMM~1\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz --library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14' had status 1 

Любая идея, чтобы выяснить эту проблему.Заранее благодарим за помощь и время.

Редактировать

После загрузки с Github также попытался

install.packages("vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz", repos=NULL, type="source")

, который выдал это сообщение об ошибке

Installing package(s) into ‘C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in untar2(tarfile, files, list, exdir) : unsupported entry type 'g'
Warning messages:
1: running command 'C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R CMD INSTALL -l "C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14"   "vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz"' had status 1 
2: In install.packages("vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz", repos = NULL,  :
  installation of package ‘vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz’ had non-zero exit status

Answer 1

Это потому, что в вашем Rlib-пути есть пробел: C:/Users/Muhammad Yasseen/R/win-library/2.14.

Посмотрите, как в первом журнале ошибок было выдано предупреждение

running command '"C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R" CMD INSTALL 
C:\Users\MUHAMM~1\AppData\Local\Temp\Rtmpsx4n5u/ggbiplot_0.5.tar.gz
--library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14' 
had status 1 

В частности, --library=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14.

Это должно быть --library="C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14", чтобы иметь дело с пробелом.

Использование install.packages заботится о кавычках для вас - посмотрите, как ваше второе предупреждающее сообщение (когда вы использовали install.packages) было

running command 'C:/PROGRA~1/R/R-214~1.2/bin/i386/R CMD INSTALL 
-l "C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/2.14"   
"vqv-ggbiplot-2623d7c.tar.gz"' had status 1 

У -l "C:/Users/Muhammad Yasseen/R/win-library/2.14" есть кавычки, поэтому вы не получите ту же ошибку.

Я быстро взглянул на источники install-github, и он создает команду R CMD INSTALL с помощью:

paste("CMD INSTALL ", built_path, " --library=", .libPaths()[1], sep="")

Посмотрите, как оно не окружает .libPaths()[1] двойными кавычками в случае пробелов? Я думаю, это твоя проблема.

Что касается исправления - похоже, произошла ошибка при использовании install.packages() в tar-файле, сгенерированном git (как сообщается здесь ). Итак, вы можете:

• изменить местоположение вашей библиотеки R где-нибудь без пробелов
• распакуйте файл .tar.gz (я не знаю, какое программное обеспечение это делает в Windows) и установите из извлеченных каталогов, а не из .tar.gz.

Answer 2

Вы не можете разархивировать .tar.gz, потому что он очищает этот файл быстрее, чем вы можете его захватить (я наблюдал, как он появляется и снова удаляется).Поправьте меня, если я ошибаюсь, но я также не могу получить devtools из github по той же причине: S