Трудно сказать без дополнительной информации. Как вы создаете эти элементы панели инструментов? Используя какой-то класс участника или в plugin.xml, используя вклады меню? Во втором варианте убедитесь, что вы определили их в соответствующем файле plugin.xml (тот, который определяет вашу перспективу, в котором вы хотите их видеть).
Убедитесь, что в вашей перспективе есть обработчики для ваших команд / действий.
Если вы используете ассоциации, убедитесь, что они правильные:
<extension point="org.eclipse.ui.actionSetPartAssociations">
<actionSetPartAssociation targetID="YouractionSetId">
<part id="YourPartId"/>
</actionSetPartAssociation>