В любом видеокодеке нет альфа-канала - он просто не предназначен для этого и значительно увеличит размер файла (для каждого пикселя в каждом кадре потребуются данные о прозрачности, сохраненные каким-либо образом)
Вы можете разместить прозрачный вид над видео, возможно, даже сделать ВСЁ видео частично прозрачным (на некоторых устройствах) ... но вы не можете сделать ТОЛЬКО ЧАСТЬ видео прозрачной. Было бы все или ничего.