Любые «настройки приложения» в Web.Config используются только веб / серверной частью вашего приложения Silverlight. Не клиентским приложением (если вы не передаете их клиенту).
Не должно иметь никакого значения, если ваше приложение Silverlight работает в режиме OOB ... Это по-прежнему просто клиентское приложение, требующее информацию с вашего веб-сервера (если вы хотите передать их).
По сути, вам не нужно ничего менять, если вы сначала не делаете что-то не так. Можете ли вы объяснить, какие настройки вам нужны в вашем клиентском приложении?